U Šibensko-kninskoj županiji postoji i niz točkastih lokacija podzemnih staništa predloženih za NATURA 2000 mrežu zbog vrijednih vrsta podzemne faune. Tako u Ćulumovoj pećini nalazimo veći broj vrsta šišmiša (Rhinolophus blasii, Myotis blythii, Myotis myotis i  Miniopterus schreibersii)

Lokalitet Novkovići Bošnjakuša koji se veže na rijeku Butižnicu te rijeka Orašnica i Radiljevac u blizini Knina, vrlo su značajni za očuvanje potočnog raka (Austropotamobius torrentium) jer predstavljaju najizoliranije populacije ovog ugroženog raka u južnom dijelu hrvatske alpinske biogeografske regije.